Abstrait

Méthodes modernes d'identification des bactéries

Raheesa M Khatib, Veena et Neelamma Konanavar

Le diagnostic précoce des maladies est essentiel pour réduire les maladies du stade des semis à la récolte afin de faire pousser des cultures saines pour obtenir un rendement maximal. La détection des bactéries consiste à traquer les bactéries pathogènes des plantes dans ou sur le matériel végétal, en particulier lorsqu'elles se produisent de manière latente, sans provoquer de symptômes. Mais l'identification signifie l'isolement, la caractérisation et la dénomination des bactéries. C'est une étape importante dans le diagnostic de l'infection bactérienne et les études taxonomiques. Il n'existe pas de méthode exclusive ou fiable et simple pour identifier l'agent pathogène et la maladie qu'il provoque. Les méthodes d'identification traditionnelles sont l'inspection visuelle de l'agent pathogène in situ ou in vitro en culture pure par examen microscopique, réaction de coloration, caractères de la colonie, besoin en oxygène, caractères physiologiques, caractères biochimiques et méthodes sérologiques. L'identification par la technique des bactériophages peut être considérée à la fois comme traditionnelle et moderne. Une spécificité moindre et une discrimination moindre au niveau de l'espèce et de la souche sont l'inconvénient des méthodes d'identification conventionnelles. Ces dernières années, des techniques d'identification complètement nouvelles ont été développées. Cela est principalement dû au développement de la biologie moléculaire, qui a permis de démêler la structure et la fonction des micro-organismes. La connaissance de la composition et de la place des éléments structurels dans les micro-organismes a rendu possibles les méthodes d'empreintes digitales réelles telles que les méthodes sérologiques spéciales comme l'immunoélectrophorèse, les anticorps monoclonaux, le marquage immunogold. Identification par séparation des composants bactériens à l'aide de techniques chromatographiques (analyse FAA par chromatographie gazeuse), séparation des protéines bactériennes (PAGE). Les méthodes d'identification basées sur les acides nucléiques sont plus importantes car elles sont purement génétiques. L'hybridation in situ fluorescente (FISH), développée par Christoph Lengauer, basée sur l'hybridation ADN-ADN. RFLP basée sur l'hybridation Southern. L'un des développements importants dans les études génomiques est la découverte de la PCR par Kary Mullis en 1985. Les méthodes d'identification basées sur la PCR sont la RFLP-PCR, la PFGE, la RAPD, la REP-PCR, l'AFLP, la PCR en temps réel et la BIO-PCR au niveau du traceur d'infection par la bactérie, particulièrement importante pour la quarantaine.