Abstrait

Étude comparative de la protéine de liaison au rétinol chez deux poissons d'eau douce, Danio rerio et Cyprinus carpio

Chittaranjan Baruah, Papari Devi et DK Sharma

Les protéines de liaison au rétinol (RBP) sont une famille de protéines aux fonctions diverses. Ce sont des protéines porteuses qui lient le rétinol. Une étude in silico a été réalisée pour la prédiction de la structure 3D et l'analyse phylogénétique moléculaire des RBP de deux poissons d'eau douce, Danio rerio et Cyprinus carpio . Les analyses ont été réalisées en utilisant les données de séquence du gène rbp et de la protéine de liaison au rétinol, extraites respectivement des bases de données Gen Bank et UNIPROKB/SWISSPROT. Les analyses évolutives du gène rbp ont été menées dans MEGA5 par les méthodes de vraisemblance maximale et de parcimonie maximale. La présente étude représente l'application de la modélisation comparative pour la prédiction de la structure 3D des RBP et les analyses phylogénétiques moléculaires du gène rbp dans MEGA5, en utilisant deux méthodes différentes, à savoir la parcimonie maximale et la vraisemblance maximale. Les structures prédites ont été déposées dans la base de données des modèles protéiques (PMDB) après vérification statistique. L'étude montre que le gène rbp de Cyprinus carpio est l' orthologue le plus proche du gène rbp de Denio rerio. Les structures du gène RBP peuvent être utiles en biologie structurale pour des recherches plus approfondies sur les sites actifs, le mécanisme moléculaire de la fonction et la phylogénie basée sur la structure. La structure sera utile pour mieux comprendre le complexe RBP-rétinol qui interagit avec la transthyrétine chez les poissons d'eau douce. L'arbre phylogénétique a révélé la relation évolutive de la famille RBP.