Abstrait

Accélérer la recherche sur le microbiome intestinal grâce à une collecte d'échantillons robuste

Zoe Zreloff, Danielle Lange, Suzanne Vernon, Martha Carlin, Raul Cano

Contexte : La qualité inférieure du matériel biologique compromet les données, ralentit les découvertes et gaspille les fonds de recherche. Le microbiome intestinal joue un rôle essentiel dans la santé et la maladie humaines, mais peu d'attention a été accordée à l'optimisation des méthodes de collecte et de traitement des selles humaines.

Méthodes : Nous avons recueilli l'intégralité des selles de deux volontaires sains : l'un pour examiner l'hétérogénéité des échantillons de selles et l'autre pour tester les paramètres de manipulation des échantillons de selles. Le séquençage et les analyses bioinformatiques ont été utilisés pour examiner la composition du microbiome.

Résultats : Le profil du microbiome variait en fonction de l'endroit où le sous-échantillon était obtenu à partir des selles. Le cortex extérieur des selles était riche en embranchements spécifiques et déficient en d'autres, tandis que le noyau intérieur des selles révélait des profils de microbiome opposés. Le traitement des échantillons a également donné lieu à des profils de microbiome variables. L'homogénéisation et la stabilisation à 4 °C ont donné des profils de diversité microbienne supérieurs à ceux des sous-échantillons frais ou congelés du même échantillon de selles. La prolifération bactérienne s'est poursuivie dans le sous-échantillon frais lorsqu'il a été traité à température ambiante. Les Bacteroidetes ont proliféré et les Firmicutes ont diminué pendant les 30 minutes de traitement de l'échantillon frais. L'échantillon congelé présentait une bonne diversité globale, mais les Proteobacteria ont diminué probablement en raison du gel/décongélation.

Conclusion : Le profil du microbiome est spécifique à la section des selles échantillonnée. La collecte, l’homogénéisation et la stabilisation des échantillons de selles à 4 °C pendant 24 heures permettent d’obtenir un échantillon net et de haute qualité en quantité suffisante qui peut être stocké dans des aliquotes présentant des profils de diversité microbienne presque identiques. Ce processus de collecte est essentiel pour accélérer notre compréhension du microbiome intestinal en bonne santé et en maladie.