Abstrait

Évaluation des méthodes d'extraction d'ADN et des solutions de préservation de l'ADN pour étudier les communautés microbiennes du sol

 Paul Iturbe-Espinoza 

 Lors du séquençage à haut débit, la composition de la communauté microbienne peut être altérée lorsque l'ADN est incomplètement purifié ou par l'activité DNase. Les objectifs sont d'estimer les biais associés à la purification de l'ADN des sols et d'évaluer l'effet d'une solution de préservation de l'ADN sur la composition de la communauté microbienne. Pour ce faire, les efficacités d'extraction d'ADN ont été comparées entre des souches uniques, un mélange de souches et des communautés microbiennes du sol. Le gène de l'ARN ribosomique 16S des sols a été amplifié et séquencé pour comparer les différences structurelles des communautés microbiennes résultant de deux kits commerciaux de purification d'ADN. De plus, des échantillons de sol ont été collectés dans le Delta du Nigéria et transportés aux Pays-Bas en utilisant une solution de préservation de l'ADN pour évaluer la stabilisation de la communauté microbienne de l'ADN. Les résultats suggèrent un biais dans la quantification des Gram positifs qui est en relation moyenne avec la capacité de lyse cellulaire des kits d'extraction d'ADN. Ce biais aurait des répercussions importantes dans les études d'écologie microbienne où l'abondance et la fonction des Gram positifs pourraient être sous-estimées.