Abstrait

Les analyses d'amarrage moléculaire des composés phytochimiques des plantes médicinales africaines présentent une activité inhibitrice contre les cibles thérapeutiques du SRAS-Cov-2

Goni AbrahamDogo, Uchechukwu Ohaeri, Uzal Umar, Aboi J. Madaki, John C. Aguiyi

Les maladies virales restent la principale cause de décès par agent infectieux dans le monde. Actuellement, la menace mondiale pour la santé publique de portée internationale est le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère-2 (SRAS-CoV-2), l'agent causal de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) de prévalence mondiale. Les plantes du monde entier, y compris les plantes d'importance ethnopharmacologique africaine, sont une source naturelle de composés phytochimiques abondants et divers ayant une bioactivité contre les micro-organismes, y compris les virus. Nous avons sélectionné 13 plantes utilisées en médecine traditionnelle africaine pour le traitement des maladies virales afin de rechercher des composés phytochimiques capables d'interférer avec les cibles thérapeutiques du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère-2 (SRAS-CoV-2) en utilisant l'approche in silico Auto Docking Vina . 25 composés phytochimiques de ces plantes qui ont passé la règle de Lipinski de similarité aux médicaments ont été évalués pour leur activité antivirale contre trois cibles thérapeutiques du SRAS-CoV-2, à savoir : la glycoprotéine de pointe, la protéase de type papaïne et la protéinase de type 3C. La structure cristalline des protéines virales cibles a été obtenue à partir du site Web de la banque de données sur les protéines (https://www.rcsb.org/). Les sites actifs des protéines cibles ont été prédits à l'aide du serveur SCFBio (http://www.scfbio-iitd.res.in/dock/ActiveSite.jsp) à partir du fichier pdb en entrée. Les composés phytochimiques antiviraux à base de plantes ont ensuite été amarrés à la protéase de type papaïne, à la protéinase de type 3C et à la glycoprotéine Spike. Les résultats de l'amarrage automatique ont généré six composés phytochimiques principaux sur les vingt-cinq (25) composés phytochimiques obtenus à partir des plantes traditionnelles africaines ayant une activité anti-SARS-CoV-2 potentielle. Les molécules principales avec leurs affinités de liaison contre la protéase de type papaïne et la protéinase de type 3C sont les suivantes : ginsénosides (-9,9), acide ursolique (-9,4), acide oléanolique (-9,4), cynarine (-8,9), glabridine (-8,5) et cinnamoylechinadiol (-8,2). Nous préconisons d'autres études in vitro et in vivo pour évaluer l'activité de ces composés principaux en vue d'une intervention médicamenteuse optimisée contre la pandémie de COVID-19.